Joondanna Blues FC er en australsk fotballklubb fra Perth, Vest-Australia. Klubben ble stiftet i 1964 og spiller for tiden i National Premier Leagues Western Australia, den høyeste divisjonen i Vest-Australia.

Joondanna Blues FC har vunnet flere titler, inkludert Western Australian Premier League-mesterskapet i 1979, 1980 og 1982. Klubben har også representert Vest-Australia i National Soccer League på flere anledninger.

Blant kjente spillere som har spilt for Joondanna Blues FC er David Mitchell, som senere spilte for Liverpool FC, og Robbie Slater, som spilte for Manchester United FC.

Joondanna Blues FC er kjent for sin sterke ungdomsavdeling og har fostret opp mange talentfulle spillere. Klubben er også aktiv i lokalsamfunnet og driver flere samfunnsprogrammer.